Natura 2000 områder er udpeget af EU, og Danmark har der en særlig forpligtigelse til at beskytte en række truede, sårbare eller karakteristiske dyr, fugle, planter og naturtyper.

I Aabenraa Kommune er følgende 5 områder udpeget som Natura 2000 områder:

  • Sønder Ådal
  • Hostrup Sø, Assenholm mose og Felsted Vestermark
  • Tinglev sø og mose, Ulvemose og Terkelsbøl Mose
  • Frøslev mose
  • Bolderslev skov

Der er udarbejdet Natura 2000 handleplaner for de privatejede arealer inde i Natura 2000 områderne.

Hostrup Sø er den største naturlige sø i Sønderjylland og ligger i skellet mellem det bakkede morænelandskab østpå og det flade hedeslettelandskab vestpå. Søen er udpeget til EU-fuglebeskyttelsesområde, samt EU-habitatområde med et rigt og varieret dyre- og planteliv omkring søen.